中藥材林林總總，多源自植物、動物及礦物的各個部份，確保藥材的品種正確及質量是一個首要條件，這門特別的學科就是「中藥鑒定學」。

過去中藥鑒定主是靠藥物學家的個人的觀察及經驗累積，從植物的生境、原植物的特徵、藥材的外觀性狀、氣味、味道等方面進行描述，以判別藥材的真偽優劣。

如東漢《准南子》對秦皮的記載是「以水浸之，正青」，就是描述了秦皮的水浸出物在日光下有熒光的特性；南北朝《本草經集注》對苦參的描述是「根味至苦惡」，指出苦參味苦；清代《本草從新》對黨參的描述「根有獅子盤頭者真」，指的是黨參根頭部有密集而突起莖痕及芽。本草典籍中以上的例子不勝枚舉，這些依靠經驗的「性狀鑒別」不單收載於藥典，目前還廣泛使用，好處是非常簡單快捷，不需要靠別的儀器就能在現場即時進行鑒別。不過，進行鑒別人員需要有一定的經驗才可以有較高的準確度，加上部份描述比較主觀，因此，隨著現代科學的發展，有更多新型中藥鑒別手法出現。

現代的中藥鑒別手法主要是利用「理化鑒別」的方法，一般都以分析中藥的標誌化學成份，以判斷該藥的鑒別及其質量標準。目前常用的化學方法，主要有各種的色譜法，如薄層色譜、液相色譜等；亦有生物化學的方法，如DNA條碼鑒別、蛋白質電泳等。這些新型分析方法好處是利用一些可以量化的條件去對藥材的鑒別及質量進行客觀的描述，但壞處往往需要不同的儀器，成本較高，而且需時較長。

中藥鑒別是中藥中一個不可缺少的一個專門學科，過去的「經驗鑒別」與現代的「理化鑒別」方法各有千秋，亦可以互補不足，不可偏廢。然而，當中最不能缺少的是一個專業的中藥鑒定人員去操作，根據中藥不同的情況與特性，靈活運用不同的鑒別方法，才能又快又準的鑒別中藥，以確保其質量與安全。